Dalam GBHN 1999-2004 memberikan visi yang merupakan tujuan yang ingin dicapai, yaitu terwujudnya masyarakat Indonesia yang damai, demokratis, berkeadilan, berdaya saing, maju dan sejahtera, dalam wadah Negara Kesatuan Republik Indonesia yang didukung oleh manusia Indonesia yang sehat, mandiri, beriman, bertakwa, berakhlak mulia, cinta tanah air, berkesadaran hukum dan lingkungan, menguasai ilmu pengetahuan teknologi, serta memiliki etos kerja yang tinggi dan berdisiplin.
Untuk dapat mewujudkan visi bangsa Indonesia masa depan, GBHN 1999-2004 menetapkan misi yang menjadi sasaran sebagai berikut.
1. Terwujudnya pengamalan Pancasila secara konsisten dalam kehidupan bermasyarakat, berbangsa, dan bernegara.
2. Terwujudnya penegakan kedaulatan rakyat dalam segala aspek kehidupan bermasyarakat, berbangsa, dan bernegara.
3. Terwujudnya pengamalan ajaran agama dalam kehidupan sehari-hari untuk mewujudkan kualitas keimanan dan ketakwaan kepada Tuhan Yang Maha Esa dalam kehidupan dan mantapnya persaudaraan umat beragama yang berakhlak mulia, toleran, rukun, dan damai.
4. Terwujudnya kondisi aman, damai, tertib, dan ketentraman masyarakat.
5. Terwujudnya sistem hukum nasional yang menjamin tegaknya supremasi hukum dan hak asasi manusia berlandaskan keadilan dan kebenaran.
6. Terwujudnya kehidupan sosial budaya yang berkepribadian, dinamis, kreatif dan berdaya tahan terhadap pengaruh globalisasi.
7. Terlaksananya pemberdayaan masyarakat dan seluruh kekuatan ekonomi nasional, terutama pengusaha kecil, menengah, dan koperasi dengan mengembangkan sistem ekonomi kerakyatan yang bertumpu pada mekanisme pasar yang berkeadilan berbasis pada sumber daya alam dan sumber daya manusia yang produktif, mandiri, maju, berdaya saing, berwawasan lingkungan, dan berkelanjutan.
8. Terwujudnya otonomi daerah dalam rangka pembangunan daerah dan pemerataan I - 2 pertumbuhan dalam wadah Negara Kesatuan Republik Indonesia.
9. Terwujudnya kesejahteraan rakyat yang ditandai oleh meningkatnya kualitas kehidupan yang layak dan bermartabat serta memberi perhatian utama pada tercukupinya kebutuhan dasar, yaitu pangan, sandang, papan, kesehatan, pendidikan, dan lapangan kerja.
10. Terwujudnya aparatur negara yang berfungsi melayani masyarakat, profesional, berdaya guna, produktif, transparan, bebas dari korupsi, kolusi, dan nepotisme.
11. Terwujudnya sistem dan iklim nasional yang demokratis dan bermutu guna memperteguh akhlak mulia, kreatif, inovatif, berwawasan kebangsaan, cerdas, sehat, berdisiplin dan bertanggung jawab, berketerampilan, serta menguasai ilmu pengetahuan dan teknologi dalam rangka mengembangkan kualitas manusia Indonesia.
12. Terwujudnya politik luar negeri yang berdaulat, bermartabat, bebas dan proaktif bagi kepentingan nasional dalam menghadapi perkembangan global.
Pelaksanaan misi tersebut akan bermuara pada terbangunnya sistem politik yang demokratis dalam wadah negara kesatuan Republik Indonesia, terwujudnya supremasi hukum dan pemerintahan yang bersih, pulihnya ekonomi yang bertumpu pada sistem ekonomi kerakyatan, meningkatnya kesejahteraan rakyat, kualitas kehidupan beragama dan ketahanan budaya, serta meningkatnya pembangunan daerah.